В кишечнике человека также обитают микроорганизмы. Они могут быть полезными и могут оказывать вредное воздействие. Микробы молочнокислого брожения, обитающие в кишечнике, синтезируют витамины, белки, которые усваиваются организмом; разлагают углеводы с образованием молочной кислоты, создавая таким образом условия, неблагоприятные для развития гнилостных микробов. Почвой для развития последних может быть недоброкачественная пища, длительный прием однообразного питания, переедание. Благодаря деятельности микроорганизмов квасится капуста, готовится кефир, сыр, масло, вино, пиво, тесто для хлеба. Широко используются плесневые грибки для приготовления антибиотиков (пенициллина, стрептомицина и др.).